虽然从税款征收的角度来看，海关与税务机关均应依据《税收征收管理法》确定滞纳金的征收，但在实际操作中，由于《海关法》、《进出口关税条例》以及《进出口货物征税管理办法》中的特别规定，海关在征收滞纳金时与国内税务机关征收滞纳金存在着较大的区别，应当引起重视。
一、计算滞纳金的起止日期不同
国内税务机关的滞纳金起止日期只有一段，从滞纳税款之日起到实际缴纳之日止。《税收征收管理法》第三十二条规定，“纳税人未按照规定期限缴纳税款的，扣缴义务人未按照规定期限解缴税款的，税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。”《税收征收管理法实施细则》第七十五条规定，“税收征管法第三十二条规定的加收滞纳金的起止时间，为法律、行政法规规定或者税务机关依照法律、行政法规的规定确定的税款缴纳期限届满次日起至纳税人、扣缴义务人实际缴纳或者解缴税款之日止。”
与国内税务机关的税款滞纳金相比，海关税款滞纳金更显复杂。海关税款滞纳金可以分成两种类型：税款缴款书填发之前的滞纳金与税款缴款书填发之后的滞纳金。《海关法》仅规定了税款缴款书填发之后的滞纳金，而并未规定税款缴款书填发之前的滞纳金；《进出口关税条例》和《进出口货物征税管理办法》对税款缴款书填发之前的滞纳金同时做出了规定。
《海关法》第六十条规定，“进出口货物的纳税义务人，应当自海关填发税款缴款书之日起十五日内缴纳税款；逾期缴纳的，由海关征收滞纳金。”《进出口关税条例》第三十七条规定，“纳税义务人应当自海关填发税款缴款书之日起15日内向指定银行缴纳税款。纳税义务人未按期缴纳税款的，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。”第五十一条规定，“进出口货物放行后，海关发现少征或者漏征税款的，应当自缴纳税款或者货物放行之日起1年内，向纳税义务人补征税款。但因纳税义务人违反规定造成少征或者漏征税款的，海关可以自缴纳税款或者货物放行之日起3年内追征税款，并从缴纳税款或者货物放行之日起按日加收少征或者漏征税款万分之五的滞纳金。”《进出口货物征税管理办法》第二十条规定，“纳税义务人应当自海关填发税款缴款书之日起15日内向指定银行缴纳税款。逾期缴纳税款的，由海关自缴款期限届满之日起至缴清税款之日止，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。”第六十九条规定，“因纳税义务人违反规定造成少征税款的，海关应当自缴纳税款之日起3年内追征税款；因纳税义务人违反规定造成漏征税款的，海关应当自货物放行之日起3年内追征税款。海关除依法追征税款外，还应当自缴纳税款或者货物放行之日起至海关发现违规行为之日止按日加收少征或者漏征税款万分之五的滞纳金。”
与国内税务机关征收的滞纳金相比，海关税款滞纳金分为两段：第一段自实际缴纳税款或者货物放行之日起至海关发现违规行为之日止；第二段自税款缴款书指定的缴款期限届满之日起至缴清税款之日止。在现行的法律规定下，海关税款滞纳金存在中断的情形，即海关发现违规行为之日起至税款缴款书指定的缴款期限届满前的时间里，纳税人的欠税行为并不产生滞纳金。
二、海关税款滞纳金是否可以超过税款本金
海关税款滞纳金是否可以超过税款本金，取决于对海关税款滞纳金性质的界定。如果海关税款滞纳金属于行政强制，则依据《行政强制法》的规定，不可以超过本金；如果海关税款滞纳金不属于行政强制，则不适用《行政强制法》的规定，可以超过本金。《海关总署公告2015年第27号――关于明确税款滞纳金减免相关事宜的公告》（27号公告）序言部分规定，“为规范海关税款滞纳金减免的操作管理，依据《中华人民共和国海关法》、《中华人民共和国行政强制法》、《中华人民共和国进出口关税条例》以及有关法律、行政法规规定，现将税款滞纳金减免有关事宜公告如下。”可以看出，海关总署认为海关税款滞纳金属于行政强制，从而应当受到《行政强制法》的调整，海关税款滞纳金不可以超过税款本金。
这一点和国内税务机关征收的滞纳金存在明显的区别。国内税务机关征收的滞纳金与税款征收决定同时做出，不具有强制纳税人履行已生效决定的作用。即使纳税人自觉履行了税款征收决定，其缴纳滞纳金的义务并不会因此而免除。此外，国家税务总局的态度始终是，征收税款滞纳金不属于行政强制，不应当适用《行政强制法》。因此，和海关税款滞纳金不同，国内税务机关征收的滞纳金可以超过本金。
三、海关税款滞纳金的减免
依据《海关总署关于印发的通知》（署税发[2012]437号）及《海关总署公告2015年第27号――关于明确税款滞纳金减免相关事宜的公告》的规定，海关对于滞纳金享有减免的权力。具体的减免情形为，
“（一）纳税义务人确因经营困难，自海关填发税款缴款书之日起在规定期限内难以缴纳税款，但在规定期限届满后3个月内补缴税款的；（二）因不可抗力或者国家政策调整原因导致纳税义务人自海关填发税款缴款书之日起在规定期限内无法缴纳税款，但在相关情形解除后3个月内补缴税款的；（三）货物放行后，纳税义务人通过自查发现少缴或漏缴税款并主动补缴的；（四）经海关总署认可的其他特殊情形。”减免税款滞纳金手续由征税地直属海关关税职能部门办理，对于符合规定可减免税款滞纳金的，征税地直属海关与纳税义务人签订《海关税款滞纳金减免执行协议》，并负责监督协议的执行。
与海关不同，国内税务机关没有减免滞纳金的权力。《税收征收管理法》及其实施细则并未赋予税务机关减免滞纳金的权力。尽管地方税务机关出台有税款滞纳金减免的规定，但我们认为，地方税务机关出台的这些文件因与上位法抵触而无效。
进出口企业经常会同时面临海关与税务的合规问题，需要对海关与税务执法中的差异有着足够的认识和了解，才能避免张冠李戴或者望文生义。比如本文所说的滞纳金，虽然用词一模一样，但实质上仍然存在着很大的差别。