城市维护建设税的征收、管理、纳税环节、处罚规定等事项，均比照增值税、营业税、消费税的有关规定办理。纳税人在申报缴纳税款的过程中容易出现的问题主要有：延期申报、计税依据适用错误、税率运用错误等。因此，在对城建税的稽查中应针对其特点，重点注意比较应缴税金与实际已缴税金是否计算准确，缴纳时间是否及时，税率适用是否正确。
(一)对计税依据的稽查
在对计税依据的稽查中主要应注意纳税人是否存在下列问题：
1．是否将缴纳的增值税、营业税、消费税金额作为计税依据进行计算，有无少记、漏记或不记已缴“三税”金额的现象。
2．是否有偷逃增值税、营业税、消费税的现象。
由于增值税及消费税的纳税情况主要由国税部门进行稽查，地税部门并不掌握详细情况，因而应注意同国税有关部门搞好税务信息交换方面的工作，积极主动地进行咨询和到实地调查了解情况，掌握纳税人缴纳“三税”的情况，并据以对纳税人缴纳城建税的情况进行稽查，尤其是国税稽查补缴的“三税”是否随同计算补缴了城建税。
例如，某镇一乡镇企业3月份申报增值税16．57万元，向地税机关申报城建税8285元。稽查分局经调查得知该企业被当地国税局查补过税款，即派人到企业稽查，发现该企业于同年1月至2月被国税局查补增值税10．45万元，滞纳金1．254万元，罚款2．09万元。即对其补征城建税5225元，罚款5225元。
(二)对适用税率的稽查
对城市维护建设税适用税率进行稽查时应注意以下问题：
1．纳税人适用的税率不是以纳税人的企业或单位性质决定的，而是以纳税人所在地行政区划决定。
2．对流动经营等无固定纳税地点的单位和个人以及由受托方代征、代扣“三税”的单位和个人，可按缴纳“三税”的所在地的税率计算缴纳城建税。
(三)对纳税环节的稽查
对纳税环节的稽查，主要应看纳税人缴纳的城建税是否与“三税”同期申报的，尤其是以增值税、消费税为计税依据时，纳税人是否在缴纳了增值税或消费税后及时向地税机关申报缴纳城建税。稽查时，可先审查“应交税金——应交增值税”和“应交税金——应交消费税”等明细账户的发生额，再核对城建税的申报纳税资料，看纳税人是否及时申报缴纳了城市维护建设税。