根据国税函[2000]584号《国家税务总局关于增值税一般纳税人恢复抵扣进项税额资格后有关问题的批复》规定：“此规定所称的不得抵扣进项税额是指纳税人在停止抵扣进项税额期间发生的全部进项税额，包括在停止抵扣期间取得的进项税额，上期留抵税额以及经批准允许抵扣的期初存货已征税款。
纳税人经税务机关核准恢复抵扣进项税额资格后，其在停止抵扣进项税额期间发生的全部进项税额不得抵扣。”
因此，公司在停止使用增值税专用发票期间不得抵扣在此期间取得的进项税额，上期留抵税额以及经批准允许抵扣的期初存货已征税款。在停止使用增值税专用发票期间发出商品应按《中华人民共和国增值税暂行条例》及《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》规定进行纳税申报。
纳税人经税务机关核准恢复抵扣进项税额资格后，其在停止抵扣进项税额期间发生的全部进项税额不得抵扣。”
因此，公司在停止使用增值税专用发票期间不得抵扣在此期间取得的进项税额，上期留抵税额以及经批准允许抵扣的期初存货已征税款。在停止使用增值税专用发票期间发出商品应按《中华人民共和国增值税暂行条例》及《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》规定进行纳税申报。