转让投资入股的土地及地上建筑是否可差额纳税？

首先，纳税人将土地和地上建筑物（厂房和附属设施）转让涉及到缴纳营业税、土地增值税这两个主要的税种，当然还涉及印花税、企业所得税。从您问的问题来看，主要集中在土地及地上建筑物转让的营业税和土地增值税。

　　营业税方面：对于纳税人转让土地同时转让地上建筑物，首先要明确按何税目缴税。根据《财政部、国家税务总局关于营业税若干政策问题的通知》财税[2003]16号文的规定：转让已完成土地前期开发或正在进行土地前期开发，但尚未进入施工阶段的在建项目，按“转让无形资产”税目中的“转让土地使用权”项目征收营业税。转让已进入建筑物施工阶段的在建项目，按“销售不动产”税目征收营业税。对于你的实际情况，你的项目已经建设完工，因为土地上面已经盖好的厂房和附属设施，因此，对于你转让土地和地上建筑物，根据房地不可分的基本原则以及财税[2003]16号文的规定，应按“销售不动产”税目征收营业税。

　　财税[2003]16号文同时规定，单位和个人销售或转让其购置、受让或抵债取得的不动产或土地使用权，以全部收入减去不动产或土地使用权的购置或受让原价后的余额为营业额缴纳营业税。

　　需要注意的是，单位和个人只有在销售或转让其购置、受让或抵债取得的不动产或土地使用权才能差额征收营业税。以其他方式取得的不动产或土地使用权再转让时不能差额缴纳营业税。

　　贵公司的情况，合资企业是以投资方式取得的土地和地上建筑物，不属于购置、受让或抵债取得的，在转让时，应以取得的收入全额按“销售不动产”税目缴纳营业税。

　　土地增值税方面：首先，对于纳税人转让土地及地上建筑物根据房地不可分的原则，应整体按转让地产处理。同时根据《土地增值税暂行条例》及其实施细则以及国税函发[1995]110号文，对于纳税人转让已使用的房屋和建筑物的，应按转让旧房处理。

　　对于转让旧房的土地增值税的缴纳方式，根据上述三个文件的规定应用转让收入减去旧房和建筑物的评估价格以及转让时缴纳的有关税金来计算增值额，按4级超率累进税率缴纳土地增值税。

　　这里旧房和建筑物的评估价格是由政府批准设立的房地产评估机构评定的重置成本乘以成新度折扣率后的价格（这里也就是税务机关参照评估价格确定的扣除项目金额）。转让环节有关的税金主要是转让环节缴纳的营业税、城建税、教育费附加和印花税。对于在投资过户环节合资企业缴纳的契税由于在旧房评估时已考虑到评估价格中，在转让环节就不允许扣除了。上海市的文件也是根据国家的这些相关文件规定的，意思一样。

　　其次，你所说的按销售额的1%计算主要是考虑到土地增值税的计算复杂性，税务机关一般在转让环节实行的土地增值税的预征，注意这里仅是预征，最后还是要按我们上面说的方法进行土地增值税清算，减去预征税款进行补税的。具体情况你请咨询当地主管税务机关，是在开票环节先预征后清算还是在开票前就请税务机关计算出应纳土地增值税额，然后直接在开票环节缴纳。