财政部印发《农业综合开发资金若干投入比例的规定》的通知（财发[2008]52号），对国家为了进一步完善农业综合开发的资金投入比例及地区、行业分配进行调整，并自2009年起施行。调整后的规定明确，对于种植业、养殖业项目以及由农民专业合作社申报并实施的产业化经营项目，中央财政将100%无偿投入。
中央财政资金用于土地治理、产业化经营项目投入比例，财政部分粮食主产区、非粮食主产区和其他地区进行分别明确。粮食主产区为：河北、内蒙古、辽宁、吉林、黑龙江、江苏、安徽、江西、山东、河南、湖北、湖南、四川13省（自治区），中央财政资金75%以上（含本数，下同）用于土地治理项目，25%以下（不含本数，下同）用于产业化经营项目。非粮食主产区为：北京、天津、上海、大连、青岛、宁波6市，中央财政资金50%以上用于土地治理项目，50%以下用于产业化经营项目。浙江、福建、广东3省，中央财政资金70%以上用于土地治理项目，30%以下用于产业化经营项目。山西、海南2省，中央财政资金75%以上用于土地治理项目，25%以下用于产业化经营项目。广西、云南、贵州、重庆、西藏、陕西、甘肃、青海、宁夏、新疆10省（自治区、直辖市），中央财政资金80%以上用于土地治理项目，20%以下用于产业化经营项目。其他地区为：新疆生产建设兵团和黑龙江省农垦总局，中央财政资金85%以上用于土地治理项目，15%以下用于产业化经营项目；广东省农垦总局中央财政资金100%用于土地治理项目。
财政部表示，对于土地治理项目，中央财政资金100%无偿投入。其中用于农业机械、配套农机具以及苗圃建设等经营性措施的补贴限额，原则上不得超过土地治理项目财政资金的5%；确需超过5%的，须报经国家农业综合开发办公室同意。
产业化经营项目无偿、有偿资金的投入比例按照项目类型及项目申报、实施主体分别确定：种植业、养殖业项目以及由农民专业合作社申报并实施的产业化经营项目100%无偿投入。其他农产品加工项目和流通设施建设项目无偿、有偿投入比例调整为30：70.
对于无偿、有偿投入相结合扶持的产业化经营项目，其无偿资金的使用范围包括：项目可行性研究、初步设计或实施方案所需费用，新品种、新技术的引进、示范及培训所发生的费用，农产品加工项目基地设施、动植物防疫检疫设施、废弃物处理及隔离环保设施、产品质量检测设施以及其他公益性设施建设投入补助等。对有偿资金的管理，按照财政部《农业综合开发财政有偿资金管理办法》（财发[2008]4号）的有关规定执行。