根据国家相关文件规定，自2013年8月1日以后，纳税人自用的应征消费税的摩托车、汽车、游艇，取得的进项税额，准予从销项税额中予以抵扣。但目前却面临《机动车销售统一发票》如何开具和抵扣的困惑，亟待上级部门予以明确解决。
根据增值税暂行条例的有关规定，作为增值税扣税凭证的机动车销售统一发票，必须使用机动车销售统一发票税控系统开具。但在实际工作中，一般纳税人购买小轿车开具的机动车销售统一发票“身份证号码/组织机构代码”栏是填写“组织机构代码”还是“纳税人识别号”，交管部门与税务部门却有差别。为便于车辆登记管理，交警车管所办理业务时明确这一栏必须填写组织机构代码，依据是自2008年10月1日起施行的中华人民共和国公安部令第102号修订后的《机动车登记规定》“（四）身份证明是指：1.机关、企业、事业单位、社会团体的身份证明，是该单位的《组织机构代码证书》、加盖单位公章的委托书和被委托人的身份证明。”
而当纳税人拿填写好的组织机构代码到税务局认证抵扣时却通不过，被告知这一栏应该填写公司的纳税人识别号，依据是《国家税务总局关于推行机动车销售统一发票税控系统有关工作的紧急通知》（国税发[2008]117号）第三条规定：“机动车零售企业向增值税一般纳税人销售机动车的，机动车销售统一发票‘身份证号码/组织机构代码’栏统一填写购买方纳税人识别号。”
“营改增”试点工作以前，这样的事情还相对较少，各地也出台了一些视同“开票有误”而采取的变通办法试图解决或者绕过这一问题，但大多是治标难治本。随着“营改增”试点工作的开展，越来越多的中小企业将会购入自用的应征消费税的摩托车、汽车、游艇，也将会尽量将取得的进项税额予以抵扣销项税额，机动车销售统一发票的开具与抵扣应尽早明确。笔者认为，按照上位法优于下位法的原则，及时调整防伪税控系统，将这一问题统一为“组织机构代码”也能予以抵扣进项税额。