自然人股权转让，属于个人所得税征收范围，适用“财产转让所得”项目。
财产转让所得，是指个人转让有价证券、股权、合伙企业中的财产份额、不动产、机器设备、车船以及其他财产取得的所得。
那么，具体到个人转让股权，是以股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按“财产转让所得”缴纳个人所得税，税率百分之二十。
也就是说，对于个人股权转让来讲，计算个人所得税应纳税所得额，涉及三个因素：股权转让收入、股权原值、合理费用，我们分别来讲。
一、股权转让收入
经常有人问，个人转让股权，收入按照注册资本还是实缴出资计算?
事实上，二者皆可能不是。
例如：张三成立了甲有限责任公司(只有张三一名股东)，注册资本1000万元，张三已经实际出资200万元。张三将此股权以500万元，转让给李四。截止转让时，虽然张三实际拿到公司200万元，但甲公司通过经营，已经实现净利润200万元，且全部留存于公司，并未分配;甲有限责任公司经营项目市场行情看好。因此，张三、李四对于500万元成立价格皆感满意。
这种情形下，张三“股权转让收入”即为500万元。也就是说，股权转让收入，是指转让方因股权转让而获得的现金、实物、有价证券和其他形式的经济利益。这儿是个“实际成交”概念。
针对实务中常有人问的几个情形，我们分析一下。
(一)按照1000万元成交行不行?
事实上，“1000万元”与“500万元”没有本质不同，只是数量不同而已。打个比方，如果上述例子中，甲公司通过经营，已经实现净利润700万元，全部留存于公司，且经营项目市场行情看好，则1000万元成交也属正常。
(二)按照200万元成交行不行?
假如张三经营甲公司，恰好一分钱未挣，但也没赔，那么200万元转让出去，也是正常价格。
(三)100万元成交行不行?
可能行，也可能不行。
此处需要再次强调一点，“股权转让收入”是个“实际成交”概念，不是估摸着税务机关能够接受多少，按照某个会计数据报给税务机关的。不是“实际成交”金额，那当然不行(税务机关依法核定情形除外);但是，“实际成交”也未必都行。
符合下列情形之一，视为股权转让收入明显偏低，若无正当理由，主管税务机关可以核定股权转让收入：
(一)申报的股权转让收入低于股权对应的净资产份额的。其中，被投资企业拥有土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产的，申报的股权转让收入低于股权对应的净资产公允价值份额的;
(二)申报的股权转让收入低于初始投资成本或低于取得该股权所支付的价款及相关税费的;
(三)申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让收入的;
(四)申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同类行业的企业股权转让收入的;
(五)不具合理性的无偿让渡股权或股份;
(六)主管税务机关认定的其他情形。
如上所述，假如张三实际出资200万元，却因为经营亏损，实际公司已经亏了100万，所以才按100万元转让给王五，而由张三、王五皆可接受。但依照税法规定，这属于“股权转让收入低于初始投资成本或低于取得该股权所支付的价款”，此“股权转让收入”未必能够得到税务机关认可。
有人说了，上面不是说了，“若无正当理由”，才需要核定吗?经营亏损难道不是“正当理由”?税法上，还真不是。那么，税法上的“正当理由”有哪些呢?
符合下列条件之一的股权转让收入明显偏低，视为有正当理由：
(一)能出具有效文件，证明被投资企业因国家政策调整，生产经营受到重大影响，导致低价转让股权;
(二)继承或将股权转让给其能提供具有法律效力身份关系证明的配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人;
(三)相关法律、政府文件或企业章程规定，并有相关资料充分证明转让价格合理且真实的本企业员工持有的不能对外转让股权的内部转让;
(四)股权转让双方能够提供有效证据证明其合理性的其他合理情形。
比如说，王五是张三的外孙，那么这个100万元成交价格就可以作为“股权转让收入”了。
二、股权原值
与“个人转让股权，收入按照注册资本还是实缴出资计算”这个问题类似，也常常有人问到，个人转让股权，成本(原值)按照注册资本还是实缴出资计算?
事实上，就“股权转让收入”而言，既非注册资本，也非实缴出资，除非二者与“实际成交金额”一致且非税法规定“股权转让收入明显偏低且无(法定)正当理由”情形。但对于“股权原值(成本)”来讲，实缴出资确实可以;注册资本则不可以，除非已经全部出资，实际等于实缴出资。
个人转让股权的原值依照以下方法确认：
(1)以现金出资方式取得的股权，按照实际支付的价款与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值;
(2)以非货币性资产出资方式取得的股权，按照税务机关认可或核定的投资入股时非货币性资产价格与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值;
(3)通过无偿让渡方式取得股权，具备本办法第十三条第二项所列情形的，按取得股权发生的合理税费与原持有人的股权原值之和确认股权原值;
(4)被投资企业以资本公积、盈余公积、未分配利润转增股本，个人股东已依法缴纳个人所得税的，以转增额和相关税费之和确认其新转增股本的股权原值;
(5)除以上情形外，由主管税务机关按照避免重复征收个人所得税的原则合理确认股权原值。
显然，张三实际出资200万元，则其“股权原值(成本)”也就是200万元。
三、合理费用
指股权转让时按照规定支付的有关税费。
对于股权转让来讲，其实目前可能也就是印花税。
“(91)国税发155号”文件明确，“(产权转移书据——)财产所有权”转移书据的征税范围是：经政府管理机关登记注册的动产、不动产的所有权转移所立的书据，以及企业股权转让所立的书据。
也就是说，自然人转让股权，应当按照“产权转移书据”项目计算、缴纳印花税，适用税率0.05%。
四、税额计算
我们回到例子：张三出资200万元，500万元转让给李四。
(一)股权转让收入：500万元
(二)股权原值(成本)：200万元
(三)合理费用：0.25万元(500万元乘以万分之五)
(四)应纳税所得额：299.75万元(500-200-0.25)
(五)应纳个人所得税额：59.95万元(299.75万元×20%)
当然，如果张三以100万元转让给自己外孙，能够得到主管税务机关认可，则因股权原值大于转让收入，而不需要缴纳个人所得税。而若无法定“正当理由”，则股权转让收入由主管税务机关按照规定进行核定，进而依法计算个人所得税。
最后，需要提示一点的是：股权转让个人所得税，在征管环节方面，也适用个人所得税法一般规定，即“转让人为纳税人，受让方为扣缴义务人”。