日前，有一家房地产企业(小规模纳税人)将受让的一宗土地予以转让，因为交易金额过亿，因此担忧因开票金额超过500万而被税务机关当作一般纳税人征收增值税。其实不然。根据《国家税务总局关于增值税一般纳税人登记管理办法》(国家税务总局令第43号)第八条规定：“纳税人在年应税销售额超过规定标准的月份(或季度)的所属申报期结束后15日内按照本办法第六条或者第七条的规定办理相关手续。”从上面的规定的流程可知，小规模纳税人无需为首笔金额过大而担忧。不止是首笔，当月或当季不管有多少笔业务，都是按小规模纳税人申报缴税，在申报期结束后才能确定本月或本季销售额，才能判定是否超标，才需要按规定办理一般纳税人的手续。所以对这笔1亿元的转让土地使用权销售额，应该按小规模纳税人缴税。
根据《中华人民共和国增值税暂行条例》和《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税[2016]36号)规定，小规模纳税人发生应税销售行为，实行按照销售额和征收率计算应纳税额的简易办法。小规模纳税人增值税征收率为3%，国务院另有规定的除外。根据《财政部 国家税务总局关于进一步明确全面推开营改增试点有关劳务派遣服务、收费公路通行费抵扣等政策的通知》(财税〔2016〕47号)规定，纳税人转让2016年4月30日前取得的土地使用权，可以选择适用简易计税方法，以取得的全部价款和价外费用减去取得该土地使用权的原价后的余额为销售额，按照5%的征收率计算缴纳增值税。因此，小规模纳税人转让2016年4月30日前取得的土地使用权，可以按照上述规定差额适用5%的征收率计算缴纳增值税。当然，对于小规模纳税人来说，如果不选择差额纳税的，则应当按取得的全部价款和价外费用适用3%征收率计算缴纳增值税。小规模纳税人转让2016年4月30日后取得的土地使用权(属于自然资源使用权的)，则应当按取得的全部价款和价外费用适用3%征收率计算缴纳增值税。
现行疫情优惠政策规定：按适用增值税征收率为3%，目前小规模纳税人可享受3%减按1%的税收优惠，优惠执行至2021年12月31日。因此，如果该纳税人选择全额纳税，可以按照1%缴纳增值税;如果该纳税人选择差额简易计税，以取得的全部价款和价外费用减去取得该土地使用权的原价后的余额为销售额，按照5%的征收率计算缴纳增值税。