回复：根据相关文件，货运自开票企业的联运、货代业务支付给铁路承运部门的费用中有以下列举项目的不得在计税营业额收入中扣除：
（一）铁路货运营运杂费类：过秤费、过衡费、运单、货签、危险货物包装标志、物品清单、施封锁材料费、机车作业费、货车蓬布使用费、自备集装箱管理费
（二）延期使用运输设备、违约及委托服务杂费类：货车运输变更手续费、货车蓬布延期使用费、货物暂存费、货车延期使用费、集装箱延期使用费、空车回送费、清扫洗刷除污费、运杂费迟交金、违约金
（三）印花税
其余未列举铁路运杂费项目属运费的价外收费。这些项目应依据合法票据在计税营业额收入中扣除。