外贸公司超过90天未申报退税如何处理？

根据《国家税务总局关于出口货物退（免）税管理有关问题的通知》（国税发[2004]64号）的规定：

　　三、出口企业应在货物报关出口之日（以出口货物报关单〈出口退税专用〉上注明的出口日期为准，下同）起90日内，向退税部门申报办理出口货物退（免）税手续。逾期不申报的，除另有规定者和确有特殊原因经地市级以上税务机关批准者外，不再受理该笔出口货物的退（免）税申报。

　　七、生产企业自营或委托出口货物未按本通知第三条规定期限申报退（免）税的，主管其征税部门应视同内销货物予以征税。

　　因此，超过90天未申报退（免）税的，应视同内销货物予以征税。