进入协查阶段的已抵扣进项运费发票如何处理？

《国家税务总局关于加强货物运输业税收管理及运输发票增值税抵扣管理的公告》（国税发[2003]120号）二、从2003年12月1日起，国家税务局将对增值税一般纳税人申请抵扣的所有运输发票与营业税纳税人开具的货物运输业发票进行比对。凡比对不符的，一律不予抵扣。对比对异常情况进行核查，并对违反有关法律法规开具或取得货物运输业发票的单位进行处罚。

　　《国家税务总局关于增值税专用发票和其他抵扣凭证开展审核检查的通知》（国税发明电[2004]59号）（二）关于货物运输业发票的处理

　　1、关于“不符”票的处理开票方所属地税机关将存根联和抵扣联信息全部下载，由管理部门对存根联电子信息与票面信息进行审核检查。
　　
　　（1）如果经开票方所属地税机关审核检查，不需再由抵扣方税务机关继续审核检查的，按照国税发[2004]119号文件规定分别不同情况进行处理。

　　（2）如果存根联不存在采集录入等技术性错误，可初步定为不符发票；
　　
　　（3）如果属于存根联采集录入等技术性错误，进行修改后两联相符，可定为相符发票；进行修改后两联仍不符的，可初步定为不符发票。

　　也就是说，对于已确认的比对不符的运费发票，一律不予抵扣，但进入协查阶段的运费发票，在协查结果出来之前并不能确认已经属于不符发票，应该先进行协查，再根据协查结果进行下一步的税务处理。