“代理运费”进项税额的抵扣有什么规定？

（1）国家税务总局关于印发《增值税问题解答(之一)》的通知 （ 国税函发[1995]288号明确：

　　（一）增值税一般纳税人外购货物（固定资产除外）所支付的运输费用，准予抵扣的运费结算单据（普通发票），是指国营铁路、民用航空、公路和水上运输单位开具的货票，以及从事货物运输的非国有运输单位开具的套印全国统一发票监制章的货票。

（二）准予抵扣的货物运费金额是指在运输单位开具的货票上注明的运费、建设基金，不包括随同运费支付的装卸费、保险费等其他杂费。

（2）您提到的“代理运费”问题，中央性法规没有明确，实践中各地也执行不一。
　　
　　比如，《广州市国家税务局关于明确增值税若干问题的通知》（穗国税发[2001]568号）规定：

　　（四）委托代办运输取得的发票抵扣税款问题为加强对代办运输部门运输票据的管理，我市地税部门专门制定了代办运输发票，发票格式比较详细地列明了代垫运费、代垫杂费和代办服务费。对委托代办运输货物的增值税一般纳税人收到上述代办运输发票，可凭该发票上注明的代垫运费部分抵扣税款。但应在该份代办运输发票上注明所运货物的发票号码，同时在申报纳税时提供支付运费的付款凭证备查。　　

　　（五）纳税人取得《国际货物运输代理业专用发票》抵扣税款，票面内容必须填写齐全，准予抵扣运输的范围按照《关于广州市外商投资企业流转税若干问题的通知》（穗国税发[2001]446号）的规定执行，如符合运费抵扣条件的，其支付的境外运费可凭《国际货物运输代理业专用发票》作为抵扣凭证计算扣税。

　　但《大连市国家税务局关于明确增值税若干业务问题的通知》（大国税发[2000]115号）却明确规定：各类货运代理企业开具的代理业专用发票上注明的运费不允许计算抵扣。

　　建议您咨询当地主管税务机关确定。