我公司一项目，于2011年低结转销售收入，由于部分配套未完工，不能取得发票，在结转时我公司按合同预提了没有发票部分的金额（对应的工程款也未支出）。问题1、预提的工程费用能否在税前扣除？（有合同、没发票、未付款）2、如果在汇算期内取得发票，能否在税前扣除？（有合同、有发票、未付款）3、如果项目结转后应补交土地增值税，公司能否将自行计算补交的土地增值税计提，待税务机关正式清算后再缴纳？这样有哪些税务风险？
1、《国家税务总局关于印发〈房地产开发经营业务企业所得税处理办法〉的通知》（国税发[2009]31号）规定：
第三十二条 除以下几项预提（应付）费用外，计税成本均应为实际发生的成本。
（一）出包工程未最终办理结算而未取得全额发票的，在证明资料充分的前提下，其发票不足金额可以预提，但最高不得超过合同总金额的10％。
（二）公共配套设施尚未建造或尚未完工的，可按预算造价合理预提建造费用。此类公共配套设施必须符合已在售房合同、协议或广告、模型中明确承诺建造且不可撤销，或按照法律法规规定必须配套建造的条件。
根据上述规定，部分配套未完工的，若配套为公共配套设施且符合已在售房合同、协议或广告、模型中明确承诺建造且不可撤销，或按照法律法规规定必须配套建造的条件，可按预算造价合理预提建造费用。否则，该配套为出包工程的，因未最终办理结算而未取得全额发票的，在证明资料充分的前提下，其发票不足金额可以预提，但最高不得超过合同总金额的10％。其他情况下配套预提费用不能税前扣除。
2、《国家税务总局关于企业所得税若干问题的公告》（国家税务总局公告2011年第34号）规定：
六、关于企业提供有效凭证时间问题?
企业当年度实际发生的相关成本、费用，由于各种原因未能及时取得该成本、费用的有效凭证，企业在预缴季度所得税时，可暂按账面发生金额进行核算；但在汇算清缴时，应补充提供该成本、费用的有效凭证。
根据上述规定，相关成本、费用是在2011年度发生的，在2011年度未取得发票，在汇算清缴时，取得发票的，可以税前扣除。
3、《国家税务总局关于印发〈房地产开发经营业务企业所得税处理办法〉的通知》（国税发[2009]31号）规定：
第十二条 企业发生的期间费用、已销开发产品计税成本、营业税金及附加、土地增值税准予当期按规定扣除。
根据上述规定，你公司计提的应补交土地增值税，由于未实际交缴税金，该计提税金不能税前扣除。