问：我单位向A公司购买牛皮纸17吨，运费由A公司负担，C公司负责运输。因C公司处置不当，造成2吨牛皮纸损失。A公司开具17吨货物发票索要货款，C公司向我单位缴纳2吨损失费。我公司入库应该按17吨还是15吨入库，如何处理？是否要申报损失？是否增值税进项税额转出？
答：《企业资产损失所得税税前扣除管理办法》（国家税务总局公告[2011]第25号）的相关规定，贵公司以上业务属于存货毁损，应做损失处理。该损失应按规定的程序和要求向主管税务机关申报后方能在税前扣除。未经申报的损失，不得在税前扣除。
这一损失，应以专项申报的方式向税务机关申报扣除。损失金额为其计税成本扣除残值及责任人赔偿后的余额。应依据以下证据材料确认：
（一）存货计税成本的确定依据；
（二）企业内部关于存货报废、变质、残值情况说明及核销资料；
（三）涉及责任人赔偿的，应当有赔偿情况说明；
（四）该项损失数额较大的（指占企业该类资产计税成本10%以上，或减少当年应纳税所得、增加亏损10%以上，下同），应有专业技术鉴定意见或法定资质中介机构出具的专项报告等。
《增值税暂行条例》第十条规定，下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：
（二）非正常损失的购进货物及相关的应税劳务；
（五）本条第（一）项至第（四）项规定的货物的运输费用和销售免税货物的运输费用。
《增值税暂行条例实施细则》第二十四条规定，条例第十条第（二）项所称非正常损失，是指因管理不善造成被盗、丢失、霉烂变质的损失。
根据以上规定，由于存货发生的损失，对外运输企业已经将损失赔偿，贵公司实际也收到15吨，涉及的进项税额应当转出，并按照《财政部、国家税务总局关于企业资产损失税前扣除政策的通知》（财税[2009]57号）第十条规定，“企业因存货盘亏、毁损、报废、被盗等原因不得从增值税销项税额中抵扣的进项税额，可以与存货损失一起在计算应纳税所得额时扣除”处理。