专家回复：
1、转让软件著作权的使用权按销售无形资产税目缴纳增值税，税率11%；小规模纳税人征收率3%。
2、转让软件著作权的使用权收入计入其他业务收入，相应的费用计入其他业务成本，相应的税费在税金及附加科目核算，形成的所得与当期应纳税所得额一并缴纳企业所得税。
政策依据：
《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2016〕36号)
附：销售服务、无形资产、不动产注释
二、销售无形资产
销售无形资产，是指转让无形资产所有权或者使用权的业务活动。无形资产，是指不具实物形态，但能带来经济利益的资产，包括技术、商标、著作权、商誉、自然资源使用权和其他权益性无形资产。
技术，包括专利技术和非专利技术。
自然资源使用权，包括土地使用权、海域使用权、探矿权、采矿权、取水权和其他自然资源使用权。
其他权益性无形资产，包括基础设施资产经营权、公共事业特许权、配额、经营权(包括特许经营权、连锁经营权、其他经营权)、经销权、分销权、代理权、会员权、席位权、网络游戏虚拟道具、域名、名称权、肖像权、冠名权、转会费等。