根据《国家税务总局关于印发〈企业所得税汇算清缴管理办法〉的通知》（国税发[2005]200号）精神，纳税人在企业所得税汇算清缴期应注意以下几方面问题：
1、汇算清缴工作在纳税年度终了后的下一年度4个月30日前完成。
2、在纳税年度终了后15日内办理上年12月份或者第四季度的企业所得税预缴纳税申报手续。年度所得税汇算清缴工作应在办理完上年12月份或者第四季度的企业所得税预缴纳税申报手续之后进行。
3、在办理汇算清缴申报手续前，向主管税务机关报送需要报经审核、审批的税前扣除、投资抵免、减免税等事项资料，并力争尽快得到答复。
4、按税收法律、法规和企业所得税的有关规定调整需要调整的涉税事项。
5、在企业所得税汇算清缴期间，除实行核定定额征收企业所得税的纳税人外，无论纳税人是否处在减税、免税期间，也无论盈利或亏损，均应向主管税务机关报送《企业所得税年度纳税申报表》，并按主管税务机关的要求提供其他有关资料，完成汇算清缴工作。
随《企业所得税年度纳税申报表》同时报送的资料有：
⑴企业所得税年度纳税申报表附表；?
⑵企业会计报表（包括资产负债表、利润表、现金流量表及相关附表）、会计报表附注和财务情况说明书（事业单位为各类收支与结余情况、资产与负债情况、人员与工资情况及财政部门规定的年度会计决算应上报的其他内容）；
⑶备案事项的相关资料，如备案类减免税项目资料等；⑷主管税务机关要求报送的其它资料。?
纳税人采用电子方式办理纳税申报的，亦应附报纸质纳税申报资料。
6、经批准实行汇总或合并申报缴纳企业所得税的总机构或集团母公司（称汇缴企业），在汇算清缴期限内，除向所在地主管税务机关报送汇总的各成员企业《企业所得税年度纳税申报表》、有关资料外，还应同时报送各个成员企业的《企业所得税年度纳税申报表》，统一办理汇缴企业及其成员企业的企业所得税汇算清缴工作。?
汇缴成员企业向汇缴企业报送的上述资料，必须经成员企业的主管税务机关审核。
7、在规定的年度企业所得税汇算清缴期内，纳税人发现已办理的《企业所得税年度纳税申报表》有误时，可以在年度汇算清缴期内重新办理年度纳税申报。
8、因不可抗力，不能按期办理年度纳税申报的，可按照征管法及其实施细则的有关规定，办理延期纳税申报。
9、委托中介机构代为办理企业所得税汇算清缴工作的，中介机构应当出具包括纳税调整的项目、原因、依据、计算过程、调整金额等内容的报告。
10、除另有规定外，在汇算清缴期内办结企业所得税多退少补或抵缴其下一年度应纳所得税款等事项。?
11、经年度汇算，有需要补缴的税款，但确因特殊困难需延期缴纳的，按征管法及其实施细则的有关规定办理。?
12、纳税人未按规定期限进行汇算清缴和与税务机关在纳税上发生争议的，按征管法及其实施细则的有关规定办理。?
13、汇算清缴工作结束后，主管税务机关要组织人员对纳税人开展企业所得税纳税评估，发现问题按征管法及其实施细则的有关规定进行处理或移交稽查部门进一步查处。
此外，按征管法和《最高人民法院关于审理偷税抗税刑事案件具体应用法律若干问题的解释》(法释[2002]33号)的有关规定，已经依法办理税务登记的纳税人有虚假纳税申报行为，不缴或者少缴应纳税款的要按照偷税进行处罚，达到规定标准的还要依法追究刑事责任。