非居民企业转让居民企业股权，一般会涉及到企业所得税，其在纳税义务的确定、税款金额的计算、申报缴纳的方式等方面存在诸多需要注意的事项，本文就此重点介绍。
一、境外注册企业转让股权不能等同于非居民企业转让股权
不能一看到境外注册企业转让股权，就以为是非居民企业转让股权，因为境外注册企业未必是非居民企业。企业所得税法规定，居民企业除了依法在中国境内成立的外，还包括依照外国（地区）法律成立但实际管理机构在中国境内的企业。因此，居民企业也可能在境外注册。
二、转让非居民企业股权可能会按转让居民企业股权处理
《国家税务总局关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》（国税函[2009]698号）规定，境外投资方（实际控制方）通过滥用组织形式等安排间接转让中国居民企业股权，且不具有合理的商业目的，规避企业所得税纳税义务的，主管税务机关层报税务总局审核后可以按照经济实质对该股权转让交易重新定性，否定被用作税收安排的境外控股公司的存在。
三、转让股权与转让股票所得税处理有别
国税函[2009]698号等文件主要针对的是非居民企业转让中国居民企业的股权（不包括在公开的证券市场上买入并卖出中国居民企业的股票）所得。对转让股票所得，笔者认为可以参照中国（或内地）与他国（或地区）签订的协定（或安排）的相应规定执行。
四、转让股权所得不扣除税后留存收益
国税函[2009]698号文件第三条规定，股权转让价是指股权转让人就转让的股权所收取的包括现金、非货币性资产或者权益等形式的金额。如被投资企业有未能分配的利润或税后提存的各项基金等，股权转让人随股权一并转让该股东留存收益权的金额，不得从股权转让价中扣除。
五、按首次投资的外币币种计算转让价和成本价
国税函[2009]698号文件规定，计算股权转让所得时，如非居民向境内投资或转让股权时以人民币以外的币种计价的，应以非居民企业向被转让股权的中国居民企业投资时或向原投资方购买该股权时的币种计算股权转让价和股权成本价。如果同一非居民企业存在多次投资的，以首次投入资本时的币种计算股权转让价和股权成本价，以加权平均法计算股权成本价；多次投资时币种不一致的，则应按照每次投入资本当日的汇率换算成首次投资时的币种。
例：某境外非居民企业A，于2010年1月1日投人中国居民企业B现汇1000万美元，假设当日美元对人民币汇率为1：6.8282，2013年5月，A协议将其持有B的股权全部转让给居民企业C，约定于2013年6月1日取得转让价6800万元人民币，当日按协议全部取得。则A持有股权的转让成本为1000万美元，转让价也应按汇率换算成美元。
六、应按扣缴日的汇率计算股权转让所得
上述国税函[2009]698号文件规定，股权成本价按投入资本当日的汇率换算成首次投资的币种，但对股权转让价，却未明确以什么时间的汇率来换算。
接上例，假设2013年6月1日美元对人民币汇率中间价为1： 6.1353.C企业于6月6日履行扣缴税款的申报缴纳义务，假设6月6日美元对人民币汇率中间价为1： 6.1737，那么计算股权转让所得按哪日的汇率换算呢？
政策1：企业所得税法规定，税款由扣缴义务人在每次支付或者到期应支付时，从支付或者到期应支付的款项中扣缴，应当自代扣之日起七日内缴入国库。
政策2：《国家税务总局关于印发〈非居民企业所得税源泉扣缴管理暂行办法〉的通知》（国税发[2009]3号）规定，扣缴义务人对外支付或者到期应支付的款项为人民币以外货币的，在申报扣缴企业所得税时，应当按照扣缴当日国家公布的人民币汇率中间价，折合成人民币计算应纳税所得额。
据政策1可知，扣缴义务发生时间为支付或到期应支付转让款的当日，而代扣之日起七日内为税款申报缴纳的时间；据政策2可知，申报时应按扣缴当日汇率中间价计算所得额。案例中股权转让价为6800/6.1353=1108.34（万美元），转让所得=1108.34-1000=108.34（万美元），换算为108.34×6.1353=664.6984（万元人民币）。
七、股权转让所得税以源泉扣缴为主和自行申报为辅
国税发[2009]3号文件规定，对非居民企业在我国境内取得股权转让所得应缴纳的企业所得税，实行源泉扣缴，以依照有关法规规定或者合同约定对非居民企业直接负有支付相关款项义务的单位或者个人为扣缴义务人。扣缴义务人未依法扣缴或者无法履行扣缴义务的，非居民企业应于扣缴义务人支付或者到期应支付之日起7日内，到所得发生地主管税务机关申报缴纳企业所得税。股权转让交易双方为非居民企业且在境外交易的，由取得所得的非居民企业自行或委托代理人向被转让股权的境内企业所在地主管税务机关申报纳税。被转让股权的境内企业应协助税务机关向非居民企业征缴税款。
八、存在关联交易的非居民企业股权转让所得要进行纳税调整
国税函[2009]698号文件规定，非居民企业向其关联方转让中国居民企业股权，其转让价格不符合独立交易原则而减少应纳税所得额的，税务机关有权按照合理方法进行调整。
九、符合条件的股权转让可选用特殊性税务处理
企业发生涉及中国境内与境外之间（包括港澳台地区）的股权和资产收购交易，其中可能存在非居民企业股权转让，对此类重组交易，除符合《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）第五条规定的条件外，如果同时符合下列条件，可选择适用特殊性税务处理规定：
（1）非居民企业向其100%直接控股的另一非居民企业转让其拥有的居民企业股权，没有因此造成以后该项股权转让所得预提税负担变化，且转让方非居民企业向主管税务机关书面承诺在3年（含3年）内不转让其拥有受让方非居民企业的股权；
（2）非居民企业向与其具有100%直接控股关系的居民企业转让其拥有的另一居民企业股权；
（3）居民企业以其拥有的资产或股权向其100%直接控股的非居民企业进行投资。