《国务院关于印发个人所得税专项附加扣除暂行办法的通知》（国发[2018]41号）的规定，与之前发布的《个人所得税专项附加扣除暂行办法（征求意见稿）》对比，主要的变化体现在一下几点：
1.总则里个人所得税专项附加扣除遵循的原则里删除了“切实减负”原则；
2. 关于子女教育，明确了学历教育的条件是“全日制”；明确了纳税人子女在中国境外接受教育的，纳税人应当留存境外学校录取通知书、留学签证等相关教育的证明资料备查。
3. 关于继续教育：明确了学位教育也属于教育教育范围；明确了同一学历（学位）继续教育的扣除期限不能超过48个月；
4.关于大病医疗：明确累计超过15000元的部分，在80000元的限额内扣除。(讨论稿是60000元)，明确了纳税人发生的医药费用支出可以选择由本人或者其配偶扣除，未成年子女的医药费用支出可以选择由其父母一方扣除。而征求意见稿是只能由本人扣除，更加合理人性。
5.关于住房贷款利息：明确了利息扣除期限最长不超过240个月；明确了利息是认贷（不是认房）；明确了婚前购房利息的扣除方法。
6.关于住房租金：扣除标准分别是800元、1100元、1500元。(讨论稿是800元、1000元、1200元)。
7.明确了专项附加扣除相关资料的应当留存五年
8.删掉了相关部门不予配合税务机关提供相关资料时“由税务部门提请同级国家监察机关依法追究其主要负责人及相关人员的法律责任”的描述。