各设区市国家税务局，省局直属单位：
《国家税务总局关于印发〈关于加强手写版增值税专用发票管理的若干规定〉的通知》（国税发明电[2003]18号）已转发各地。在执行过程中，各地反映文中第五、六、七点增值税专用发票先比对（协查）后抵扣的规定与《国家税务总局关于增值税一般纳税人取得防伪税控系统开具的增值税专用发票进项税额抵扣问题的通知》（国税发[2003]17号）中“增值税一般纳税人认证通过的防伪税控系统开具的增值税专用发票，应在认证通过的当月按照增值税有关规定核算当期进项税额并申报抵扣，否则不予抵扣进项税额。”以及《国家税务总局关于进一步明确推行防伪税控系统和金税工程二期完善与拓展有关工作的通知》（国税函[2003]139号）中“2003年10月1日起，增值税一般纳税人所用的手写版专用发票一律不得作为增值税的扣税凭证。”等规定有抵触，应如何执行。经询问总局流转税司，现将有关问题明确如下：
一、对发生过虚开增值税专用发票行为的商贸企业取得的电脑版专用发票抵扣联，须与销货方纳税情况比对无误后予以抵扣，抵扣时间可不受国税发[2003]17号的限制。纳税人取得进项增值税专用发票应在90天内进行认证，税务机关应将比对结果在比对结果出来后的2天内通知纳税人，经比对可以抵扣的，该电脑版专用发票抵扣联的抵扣时间为纳税人接到通知的次月，逾期不予抵扣。
二、对发生过虚开增值税专用发票行为的商贸企业取得的手写版专用发票抵扣联，应协查核对无误后予以抵扣，抵扣时间可不受国税函[2003]139号的限制，但纳税人必须在2003年10月申报期前向主管税务机关申请对该手写版专用发票抵扣联进行协查，税务机关应将协查结果在收到协查回函后的2天内通知纳税人，经协查可以抵扣的，抵扣时间为纳税人接到通知的次月，逾期不予抵扣。
三、纳税人取得的手写万元版专用发票连号票超过5份、手写千元版专用发票连号票超过15份的，应在2003年10月申报期前申报纳税，并向主管税务机关说明，经主管税务机关严格审核发现有异常的，应协查核对无误后抵扣，抵扣时间可不受国税函[2003]139号的限制。税务机关应将协查结果在收到协查回函后的2天内通知纳税人，经协查可以抵扣的，抵扣时间为纳税人接到通知的次月，逾期不予抵扣。
四、对注册资金在50万元以下（含50万元）的的商贸企业取得的手写版专用发票抵扣联，纳税人应在2003年10月申报期前申报纳税，并向主管税务机关说明，经主管税务机关严格审核发现有异常的，应协查核对无误后抵扣，抵扣时间可不受国税函[2003]139号的限制。税务机关应将协查结果在收到协查回函后的2天内通知纳税人，经协查可以抵扣的，抵扣时间为纳税人接到通知的次月，逾期不予抵扣。
请遵照执行。
二ＯＯ三年七月三十日