注：根据2007年8月6日北京市国家税务局关于发布已失效或废止的税收规范性文件目录的通知（京国税发［2007］212号），“... 99.《北京市国家税务局转发国家税务总局关于取消小规模企业销售货物或应税劳务由税务所代开增值税专用发票审批后有关问题的通知的通知》（京国税函［2004］548号）市局补充意见部分第五条中“《企业进货退出及索取折让证明单》第二联”。”本文阴影部分废止。
北京市国家税务局转发国家税务总局关于取消小规模企业销售货物或应税劳务由税务所代开增值税专用发票审批后有关问题的通知的通知
京国税函［2004］548号
各区、县国家税务局，各直属分局：
现将《国家税务总局关于取消小规模企业销售货物或应税劳务由税务所代开增值税专用发票审批后有关问题的通知》（国税函［2004］895号，以下简称通知）文件转发给你们，并就有关问题补充规定如下，请一并贯彻执行。
一、增值税小规模纳税人（以下简称小规模纳税人）需要代开增值税专用发票（以下简称专用发票）时，应按照下列程序到主管税务机关办理代开手续：
（一）持销货方纳税人税务登记证副本和《代开增值税专用发票缴纳税款申报单》（以下简称申报单，具体样式见附件，各局自印）一式三份报主管税务机关。主管税务机关税款征收岗审核无误并签章后，为其开具《中华人民共和国税收通用缴款书》，并将《申报单》一份留存，两份退小规模纳税人。
（二）小规模纳税人到开户银行缴纳税款后，持销货方纳税人税务登记证副本和《中华人民共和国税收通用缴款书》第一联、第六联原件和由税款征收岗签章的两份《申报单》报主管税务机关。主管税务机关代开发票管理岗审核无误并签章后，为其开具专用发票，将专用发票发票联、抵扣联和记帐联（小规模纳税人记帐使用）交小规模纳税人。同时将缴款书第六联和《申报单》一份留存，另一份《申报单》和缴款书第一联退小规模纳税人。
各局应相应建立代开专用发票的具体操作规程，并按照有关规定严格做好税票的销号工作，如发现代开专用发票所征收的税款未及时入库的情况，应立即组织入户检查。
二、各区、县国家税务局，各直属分局只负责本局所管辖的小规模纳税人专用发票的代开工作，不得为非本局所管辖的小规模纳税人代开专用发票。
三、主管税务机关为个体工商户代开专用发票时，个人所得税、城市维护建设税、教育费附加随同增值税一并即时征收，个人所得税征收率比照集贸市场的有关征收规定执行。对于定期定额征收的个体工商户，主管税务机关为其代开专用发票时，不论其核定的月应税销售额是否达起征点，都必须即时完税，并且不与其核定的月应税销售额进行清算。
四、主管税务机关为小规模纳税人中的企业、企业性单位代开专用发票时征收的税款，由税款征收岗在CTAIS系统中操作“预缴开票”模块，税款属性选择“34代开发票预收税款”；为小规模纳税人中的个体工商户代开专用发票时征收的税款，比照企业、企业性单位的具体操作执行。
五、小规模纳税人委托主管税务机关代开专用发票后，发生销货退回或销售折让，需要重新开具专用发票的，比照国家税务总局《增值税专用发票使用规定》第十二条和《国家税务总局关于加强增值税专用发票填开管理问题的补充通知》（国税发［1995］162号）第三条以及市局的转发文件（京国税［1995］164号）第二条的有关规定执行。主管税务机关为小规模纳税人代开红字专用发票时，应认真核实购货方退回专用发票发票联、抵扣联或《企业进货退出及索取折让证明单》第二联，审核无误后方可为其代开红字专用发票。
六、经请示国家税务总局明确，主管税务机关为小规模纳税人代开专用发票所征收的税款属于预征税款。因此，我市《增值税纳税申报表（适用于小规模纳税人）》“计税依据”各栏的填列口径中应包含主管税务机关当期为小规模纳税人的代开专用发票上所注明的金额，“本期预缴税额”栏的填列口径中应包含主管税务机关当期为小规模纳税人代开专用发票所预征的增值税税额。同时，主管税务机关预征税款后，如小规模纳税人发生退货或销售折让的情况，其所预缴的税款应首先抵减当期的应纳税额，当期应纳税额不足抵减的，可办理税款的退库手续。